Zappa intentó ganarse la vida como músico y compositor, haciendo conciertos donde podía, a veces con una remodelada formación de The Blackouts.26 Económicamente fueron más alentadoras sus primeras grabaciones profesionales, dos bandas sonoras para las películas de bajo coste The World’s Greatest Sinner (1962) y Run Home Slow (1965). La primera de ellas, encargada por el actor y productor de cine Timothy Carey y grabada en 1961, contenía muchos temas que aparecerían en posteriores álbumes de Zappa.27 La segunda de ellas se grabó en 1963 después de que la película ya estuviese terminada, pero se la había encargado uno de sus antiguos profesores de instituto en 1959, por lo que es posible que Zappa trabajase en ella antes de que se rodase la película.28 Algunas piezas de esta banda sonora aparecen en su álbum póstumo de 1996, The Lost Episodes.
A principios de los años 60, Zappa compuso y produjo canciones para artistas de ámbito local, trabajando a menudo con el cantante y compositor Ray Collins y el productor Paul Buff. Con este último produjo el tema «Memories of El Monte», que fue grabado por The Penguins.29 Buff era dueño de un pequeño estudio de grabación en Cucamonga, California, que incluía una grabadora de cinco pistas que él mismo había construido. En aquellos tiempos, sólo un puñado de estudios, los más comerciales, poseían equipo de grabación multipista; lo habitual era que los estudios más pequeños grabaran en mono o en dos pistas.30 Aunque ninguna de sus grabaciones de esta época consiguió éxito comercial, Zappa ganó dinero suficiente para permitirse ejecutar un concierto con su música de orquesta en 1963 y grabarlo.31 Ese mismo año apareció en el Show de Steve Allen, tocando una bicicleta como instrumento musical.32 Con Captain Beefheart, Zappa grabó algunos temas bajo el nombre de The Soots. La discográfica Dot Records descartó a la banda por no tener «potencial comercial»; una cita que después usaría Zappa en la portada de su álbum Freak Out!.33. En 1964, después de que su matrimonio comenzara a ir mal, comenzó a trabajar más de doce horas al día en un estudio grabando y experimentando con técnicas nuevas de grabación de audio. Este patrón de trabajo le seguiría durante el resto de su vida.34 Gracias a los ingresos que le aportaban sus composiciones para películas, Zappa se hizo cargo del estudio de Paul Buff, que estaba trabajando con Art Laboe en Original Sound, llamando al estudio Studio Z.35 Studio Z raras veces trabajaba con artistas que no fueran Zappa, a excepción de grabar para algún amigo del mismo, como James «Motorhead» Sherwood.36 Zappa, también comenzó a trabajar como guitarrista para un power trio llamado The Muthers, actuando en bares locales para poder seguir financiándose.37
Un artículo en la prensa local describiendo a Zappa como «The Movie King of Cucamonga» (El rey de las películas de Cucamonga) hizo que la policía sospechase que estaba realizando películas pornográficas.38 En marzo de 1965, un agente encubierto del departamento de Antivicio le ofreció a Zappa 100 dólares para que produjese una cinta de audio erótica, supuestamente para una despedida de solteros. Zappa y una amiga grabaron la cinta, y a la hora de entregarla, fue arrestado, y la policía procedió a hacer un registro del estudio de grabación, requisando todo el material grabado.38 La prensa fue avisada de antemano, y al día siguiente el periódico The Daily Report escribió que el Departamento de Antivicio había encontrado material de índole pornográfico y que había detenido a un director de cine.39 Zappa tuvo que defenderse de una acusación de «conspiración para producir pornografía».40 Este cargo fue reducido y fue sentenciado a seis meses de cárcel por un delito menor, de los que sólo tuvo que cumplir diez días.41 Esto le dejó una marca personal permanente, siendo clave en su posterior antiautoritarismo.42 Zappa perdió varias de las grabaciones hechas en Studio Z en el proceso, ya que la policía sólo devolvió unas treinta de las ochenta horas de grabación que habían requisado.43 Ya no podía permitirse el alquiler del estudio y fue desahuciado,44 consiguiendo recuperar la mayoría de sus posesiones antes de que el estudio fuese derruido en 1966.45
En 1965, Zappa recibió la propuesta de Ray Collins de unirse como guitarrista a una banda local de R&B llamada The Soul Giants.5 Zappa aceptó, asumiendo casi desde el comienzo el liderazgo del grupo, y aportando también su voz a las canciones, aunque nunca se consideró a si mismo como cantante.46 Convenció a los demás miembros de que tenían que tocar sus propias composiciones para aumentar las posibilidades de conseguir un contrato discográfico.47 La banda cambió su nombre inicial a The Mothers, curiosamente coincidiendo con el Día de la Madre en Estados Unidos.48 Después de asociarse con el mánager Herb Cohen, incrementaron su número de actuaciones, mientras poco a poco se ganaban la atención de la floreciente escena underground de Los Ángeles.49 A principios de 1966, el productor discográfico Tom Wilson les vio mientras interpretaban una canción que hablaba de los disturbios de Watts, «Trouble Every Day»,50 y decidió ocuparse de la banda. Wilson había adquirido renombre por haber producido al cantante y compositor Bob Dylan y al dúo de folk rock Simon & Garfunkel.
The Mothers, gracias a Wilson, consiguieron un contrato con Verve Records, perteneciente a MGM Records, que se especializaba en jazz moderno e intentaba abrirse camino en un ámbito más pop-rock. La compañía Verve insistió en que la banda cambiara oficialmente su nombre a «The Mothers of Invention», ya que «Mother», en terminología slang, era una abreviación de motherfucker, un término que, aparte de su significado blasfemo, puede aludir a un músico experto.51
Con Wilson como productor, The Mothers of Invention y una orquesta de estudio grabaron el doble álbum Freak Out! en 1966. Era una mezcla de R&B, doo wop y sonidos experimentales que mostraban la subcultura del momento en Los Ángeles.52 El álbum estableció inmediatamente a Zappa como alguien radicalmente nuevo en la escena de la música rock, siendo un antídoto a la «inexorable cultura consumista americana».53 El sonido era crudo, pero los arreglos eran sofisticados, quedando algunos de los músicos de sesión sorprendidos al tener que leer la música y ser dirigidos por Zappa, ya que esto no era nada habitual en las grabaciones de rock.54 Las letras eran inconformistas, antiautoritarias, y con un marcado estilo dadaísta, pero dejando sitio para algunas letras de amor.55 La mayoría de las composiciones eran de Zappa, lo que se convertiría en la norma durante el resto de su carrera artística. Tenía el control absoluto sobre los arreglos y las decisiones musicales e hizo una gran parte de la producción, mientras que Wilson aportaba su influencia y conexiones dentro de la industria discográfica para conseguir la financiación necesaria.56
Durante la grabación de Freak Out!, Zappa se mudó a una casa en Laurel Canyon en Los Ángeles, California con su amiga Pamela Zarubica, que también aparecía en el álbum.54 La casa se convirtió en punto de reunión de muchos músicos y groupies de la escena de L.A.57 Aunque muchos de los músicos de la época consumían drogas, Zappa los etiquetaba como «assholes in action» (estúpidos en acción), y sólo llegó a probar la marihuana en unas pocas ocasiones.58 Sin embargo, fue fumador de tabaco durante la mayor parte de su vida, y fue fuertemente crítico con las campañas antitabaco, considerándolas como invenciones de yuppies.59 Después de una corta gira tras el lanzamiento de Freak Out!, Zappa conoció a Adelaide Gail Sloatman. Zappa se enamoró, según sus propias palabras, «en un par de minutos», y ella se mudó a la casa de Laurel Canyon en el verano de 1966.47 Se casaron en 1967.
Wilson produjo el siguiente álbum Absolutely Free (1967), grabado en noviembre de 1966 y mezclado en Nueva York. Contenía largas canciones interpretadas por The Mothers of Invention y se centraba en canciones que definían el estilo de componer de Zappa, introduciendo cambios rítmicos abruptos dentro de las canciones.60 Ejemplos de esto son «Plastic People» y «Brown Shoes Don’t Make It», que contenían letras muy críticas con la hipocresía de la sociedad americana, pero también sobre la contracultura de los años 60.61 Como dijo Zappa:
The Mothers of Invention tocaron en Nueva York a finales de 1966 y se les ofreció un contrato para actuar durante Semana Santa en el Teatro Garrick en 1967. Resultó un gran éxito, por lo que Herb Cohen amplió el contrato, que duró seis meses.68 Como resultado, Zappa y su mujer, junto a The Mothers of Invention, se trasladaron a Nueva York.63 Sus espectáculos se convirtieron en una combinación de improvisaciones centrándose en los talentos individuales de los componentes de la banda y las composiciones de Zappa. Todo ello, dirigido por las famosas señales con las manos de Zappa.69 Las actuaciones de artistas invitados y la participación del público se convirtieron en cosas habituales en los conciertos del Teatro Garrick. Una noche, Zappa subió al escenario a un grupo perteneciente al Cuerpo de Marines de los Estados Unidos, donde procedieron a desmembrar a una muñeca hinchable, a instancias de Zappa, que les había dicho que se imaginasen que era una chica gook (siendo gook un término despectivo que se utilizaba para llamar a las personas no-estadounidenses en época de guerra).70
Establecido el grupo en Nueva York, y con la única interrupción de la primera gira europea de la banda, The Mothers of Invention grabaron en 1968 el álbum We’re Only in It for the Money, a menudo citado como el más exitoso de los trabajos de la banda de finales de la década de los años 1960.71 Fue producido por Zappa, apareciendo Wilson en los créditos como productor ejecutivo. De aquí en adelante, Zappa produjo todos los álbumes de The Mothers of Invention y como artista en solitario. En We’re Only in It for the Money estaban algunas de las composiciones más creativas a nivel productivo y de edición oídas hasta el momento en la música pop, y las canciones satirizaban de forma descarada la época hippie y el fenómeno flower power.72 73 La portada, obra de Cal Schenkel, parodiaba la del álbum Sgt. Pepper’s Lonely Hearts Club Band de The Beatles.74 Esto inició una larga andadura juntos, en la cual Schenkel diseñó numerosas portadas tanto para Zappa como para The Mothers of Invention.75
Reflejando el eclecticismo de Zappa, el siguiente álbum, Cruising with Ruben & the Jets de 1968, fue muy diferente. Es una colección de canciones doo wop; no poniéndose de acuerdo los críticos y seguidores en si era una sátira o un tributo.76 Parte de un tema de La consagración de la primavera de Stravinsky suena en una de las canciones. Zappa ha dicho que el álbum fue concebido a la manera en que Stravinsky componía en su época neoclásica:
En Nueva York, utilizó mucho la edición de audio como parte de sus composiciones.78 Se puede encontrar un ejemplo claro en su doble álbum Uncle Meat de 1969,79 donde la pista «King Kong» se edita a partir de varias grabaciones distintas de estudio y en directo. Zappa grababa de forma habitual sus conciertos,80 con lo cual utilizaba la edición para superponer esas grabaciones encima de material de estudio y viceversa.81 Más adelante, comenzó a combinar grabaciones de distintas composiciones para convertirlas en composiciones nuevas, sin importar que el tempo fuese distinto. Llamaba a este proceso «xenochrony» (extrañas sincronizaciones).82 81 Zappa también acuñó el término «conceptual continuity» (continuidad conceptual), viniéndose a referir a que cualquier proyecto o álbum formaba parte de un proyecto más amplio. Todo estaba conectado, y temas musicales y letras de canciones aparecían en formas distintas en posteriores trabajos. Esta continuidad conceptual se encuentra a lo largo de su extensa obra en muchos momentos.83 78 A finales de la década de los 1960, Zappa siguió adentrándose más en la industria de la música, formando Herb Cohen y él los sellos discográficos Bizarre Records y Straight Records, para poder seguir financiando proyectos y para tener el control absoluto del lado creativo de su música. Zappa produjo el doble álbum Trout Mask Replica para Captain Beefheart, álbumes de Alice Cooper, Wild Man Fischer, y The GTOs, además de la última grabación en directo de Lenny Bruce.84